Kegiatan operasi yang dilakukan oleh PT. Pupuk Iskandar Muda (PIM) berpotensi menimbulkan dampak berupa gangguan habitat asli dan ekosistem didalamnya, sehingga mempengaruhi keberlangsungan hidup fauna dan flora disekitar lingkungan perusahaan. Oleh karena itu, PT. PIM berkomitmen untuk meminimalkan dampak yang ditimbulkan dari kegiatan operasi dengan melakukan upaya pencegahan, tanggung jawab terhadap tata guna lahan dan modifikasi kontruksi dan desain untuk melindungi spesies fauna dan flora tertentu endemik atau dilindungi. Langkah kebijakan PT. PIM terkait perlindungan terhadap keanekaragaman hayati adalah pemetaan rona lingkungan awal dan perlindungan keanekaragaman hayati dengan area konservasi seluas 31,8 Ha melalui penanaman pohon serta konservasi flora dan fauna. Hingga Juni 2023, PT. PIM mengelola sebanyak 6 program kawasan konservasi dan 3 program penanaman. Program-program yang dilakukan bekerjasama dengan masyarakat, Lembaga Swadaya Masyarakat (LSM) dan pemerintah. Program perlindungan Keanekaragaman Hayati PT PIM tersebut adalah:

Kawasan Green Barrier merupakan kawasan penghijauan yang terdapat pada sisi timur dan barat pabrik PT Pupuk Iskandar Muda. Umumnya, pohon disini merupakan pohon yang ditanam sebagai kawasan penghijauan. Pengamatan flora di kawasan Green Barrier ditemukan spesies glodokan tiang (Polyalthia longifolia) dalam jumlah yang besar. Hal ini dikarenakan spesies glodokan tiang (Polyalthia longifolia) ditemukan pada tingkat strata pohon, pancang, dan semai. Glodokan tiang (Polyalthia longifolia) memang ditanam di kawasan ini yang diproyeksikan sebagai kawasan penghijauan. Selain itu, tumbuhan bawah (semai, semak, dan herba) juga ditemukan banyak jenis yang beragam. Sehingga dapat menambah nilai keragaman hayati yang tinggi.

Program Penanaman Pohon di komplek perumahan dengan menanam pohon jati. Target program adalah Lahan kosong di area perumahan ditanam pohon penyerap CO₂. Program ini diharapkan dapat menyerap CO₂ sehingga dapat menyeimbangkan lingkungan. Kawasan konservasi pohon jati (Tectona grandis) merupakan kawasan konservasi tanaman monokultur (tanaman tunggal) berupa tanaman jati (Tectona grandis), sehingga dikenal dengan konservasi alam hutan jati.  Namun, ditemukan juga spesies lain pada tingkat strata pohon, tiang, pancang, dan semai (termasuk herba dan semak). Umumnya, spesies yang beragaman pada tingkat tumbuhan bawah. Hal ini bagus untuk ekosistem untuk menjaga keragaman hayati pada kawasan konservasi alam hutan jati dan juga dalam menjaga erosi tanah serta kesuburan tanah. Evaluasi yang dilakukan untuk melihat cadangan air tanah dari Kawasan konservasi Hutan Jati menggunakan metode Survei Geolistrik Resistivitas.

Memelihara dan melindungi tanaman Mangrove sebagai upaya pencegahan abrasi di sungai Krueng Geukueh. Kawasan ekosistem mangrove di kawasan PT Pupuk Iskandar Muda termasuk ke dalam zona mangrove payau yang masih dipengaruhi pasang surut. Pengamatan flora di kawasan ekosistem mangrove ditemukan spesies bakau bandul (Rhizopora mucronata) dan Nipah (Nypa fruticans) memiliki jumlah yang besar pada berbagai tegakan. Kondisi substrat pada kawasan ekosistem mangrove ini berlumpur, sehingga baik untuk pertumbuhan mangrove, tetapi memiliki kadar salinitas yang lebih rendah. Substrat yang berlumpur sangat baik untuk tegakan Rhizopora mucronata (Bakau Bandul) dan Avicennia marina (Api-Api Putih), Nypa fruticans (Nipah) dan Sonneratia caseolaris (Pidada Merah) mampu hidup pada sungai yang memiliki kadar salinitas yang lebih rendah.

Kawasan penangkaran rusa di kawasan PT Pupuk Iskandar Muda ini merupakan salah satu konservasi secara ex-situ (diluar habitat aslinya, dengan tujuan pelestarian dan perlindungan akibat penurunan  populasi  rusa sambar (cerpus spp.)  Program Konservasi Rusa Sambar dilakukan di wilayah konservasi Rusa. Program ini diharapkan dapat meningkatkan jumlah populasi Rusa Sambar dan mampu menjaga kelestarian Rusa Sambar tersebut.

Kawasan Taman Tanaman Langka merupakan salah satu kawasan konservasi yang diperuntukkan untuk jenis-jenis tanaman langka.  Tanaman langka ini terdapat dan ditanam di perkarangan kantor, perkarangan rumah, dan lapangan. Pengamatan flora di kawasan taman tanaman langka ditemukan spesies palem merah bangka (Cyrtostachys ronda) dalam jumlah yang banyak. Hal ini dkarenakan pinang merah  bangka  (Cyrtostachys ronda) banyak ditanam di perkarangan rumah dan kantor yang diproyeksikan sebagai tanaman langka yang harus dijaga, selain itu, juga terdapat palem kipas sumatra (Livistona spp.) yang juga termasuk tanaman langka  Program Budidaya Tanaman Palem Kipas Sumatera dan Palem Merah Bangka sebagai salah satu tanaman utama di gedung direksi PT Pupuk Iskandar Muda menjadi salah satu bukti komitmen PT Pupuk Iskandar muda dalam memelihara dan mengembangkan tanaman langka. Tanaman ini salah satu tanaman yang sangat butuh untuk dikembangkan

Daerah Sungai Krueng Peusangan yang terletak di daerah Blang Me, Kuta Blang, Kabupaten Bireun adalah area yang cukup vital bagi perusahaan, karena sumber air bagi perusahaan berasal dari sungai Peusangan. Dengan program menanam dan konservasi tanaman Pohon Jengkol (Archidendron pauciflorum) yang ditanam di sepanjang tepian sungai diharapkan akan menjaga sungai dari abrasi dan meningkatkan area resapan air di wilayah tersebut. Total Pohon Jengkol yang ditanam sebanyak 2000 batang pada tahun 2023. Program ini bekerja sama dengan masyarakat setempat dan bekerjasama dengan Lembaga Swadaya Masyarakat (LSM) diantaranya yaitu Aceh Wetland Foundation (AWF), Forum DAS Krueng Peusangan (FDKP) dan Aceh Green Conversation (AGC).

Gampong/Desa Blang Me merupakan area ring 1 perusahaan dimana terdapat aset milik perusahaan berupa water intake. Dalam kurun waktu 10 tahun terakhir, puluhan hektar lahan Paya Nie berubah fungsi dari daerah resapan air menjadi areal sawah. Paya Nie merupakan lahan gambut yang berada di desa Blang Me seluas 300 ha. Agenda kegiatan yang dilakukan adalah sosialisasi mengenai perkembangbiakan dan perawatan pohon Aren dan sosialisasi budidaya di lahan gambut. Penanaman Pohon Aren tahun 2023 sebanyak 150 bibit pohon. Sosialisasi perkembangbiakan dan perawatan pohon Aren dan sosialisasi budidaya di lahan gambut bertujuan untuk mengedukasi masyarakat tentang urgensi terhadap pelestarian ekosistem di rawa gambut dan sosialisasi mengenai perkembangbiakan dan perawatan pohon Aren, sebagai upaya sharing knowledge dari perusahaan. Dengan begitu, masyarakat diharapkan lebih peduli terhadap kelestarian lingkungan sebagai penopang keberlanjutan ekosistem dan peningkatan ekonomi masyarakat. Pelaksanaan kegiatan bekerjasama dengan LSM AWF (Aceh Wetland Foundation) dan pemerintah Desa Blang Me, Bireun. Diharapkan dengan adanya penanaman pohon aren dapat menjaga ketahanan tanah sebagai upaya pencegahan erosi tanah di sekitar lahan di paya Nie serta pemanfaatan pohon aren sebagai fungsi produksi yang dapat meningkatkan ekonomi masyarakat.