Kegiatan operasi yang dilakukan oleh PT Pupuk Iskandar Muda (PIM) berpotensi menimbulkan dampak berupa gangguan habitat asli dan ekosistem didalamnya, sehingga mempengaruhi keberlangsungan hidup fauna dan flora disekitar lingkungan perusahaan. Oleh karena itu, PT. PIM berkomitmen untuk meminimalkan dampak yang ditimbulkan dari kegiatan operasi dengan melakukan upaya pencegahan, tanggung jawab terhadap tata guna lahan dan modifikasi kontruksi dan desain untuk melindungi spesies fauna dan flora tertentu endemik atau dilindungi. Langkah kebijakan PT. PIM terkait perlindungan terhadap keanekaragaman hayati adalah pemetaan rona lingkungan awal dan perlindungan keanekaragaman hayati dengan area konservasi seluas 37,13 Ha di area komplek dan pabrik PT PIM dan 295,3 Ha diluar kawasan PT PIM melalui penanaman pohon serta konservasi flora dan fauna. Hingga Juni 2024, PT. PIM mengelola sebanyak 7 program kawasan konservasi, 6 program penanaman dan restocking 5.000 Ikan Gabus. Penanaman pohon dilakukan di luar Kawasan PT PIM pada tahun 2023-2024 sebanyak 3.500 batang yang terdiri dari pohon produktif, tanaman langka, mangrove dan pohon Aren di Bireuen, Aceh Utara dan Lhokseumawe. Program-program yang dilakukan bekerjasama dengan masyarakat, Lembaga Swadaya Masyarakat (LSM) dan pemerintah. Program perlindungan Keanekaragaman Hayati PT PIM tersebut adalah:

Kawasan Green Barrier merupakan kawasan penghijauan yang terdapat pada sisi timur dan barat pabrik PT Pupuk Iskandar Muda. Umumnya, pohon disini merupakan pohon yang ditanam sebagai kawasan penghijauan. Pengamatan flora di kawasan Green Barrier ditemukan spesies glodokan tiang (Polyalthia longifolia) dalam jumlah yang besar. Hal ini dikarenakan spesies glodokan tiang (Polyalthia longifolia) ditemukan pada tingkat strata pohon, pancang, dan semai. Glodokan tiang (Polyalthia longifolia) memang ditanam di kawasan ini yang diproyeksikan sebagai kawasan penghijauan. Selain itu, tumbuhan bawah (semai, semak, dan herba) juga ditemukan banyak jenis yang beragam. Sehingga dapat menambah nilai keragaman hayati yang tinggi.

Program Penanaman Pohon di komplek perumahan dengan menanam pohon jati. Target program adalah Lahan kosong di area perumahan ditanam pohon penyerap CO₂. Program ini diharapkan dapat menyerap CO₂ sehingga dapat menyeimbangkan lingkungan. Kawasan konservasi pohon jati (Tectona grandis) merupakan kawasan konservasi tanaman monokultur (tanaman tunggal) berupa tanaman jati (Tectona grandis), sehingga dikenal dengan konservasi alam hutan jati.  Namun, ditemukan juga spesies lain pada tingkat strata pohon, tiang, pancang, dan semai (termasuk herba dan semak). Umumnya, spesies yang beragaman pada tingkat tumbuhan bawah. Hal ini bagus untuk ekosistem untuk menjaga keragaman hayati pada kawasan konservasi alam hutan jati dan juga dalam menjaga erosi tanah serta kesuburan tanah. Evaluasi yang dilakukan untuk melihat cadangan air tanah dari Kawasan konservasi Hutan Jati menggunakan metode Survei Geolistrik Resistivitas.

Memelihara dan melindungi tanaman Mangrove sebagai upaya pencegahan abrasi di sungai Krueng Geukueh. Kawasan ekosistem mangrove di kawasan PT Pupuk Iskandar Muda termasuk ke dalam zona mangrove payau yang masih dipengaruhi pasang surut. Pengamatan flora di kawasan ekosistem mangrove ditemukan spesies bakau bandul (Rhizopora mucronata) dan Nipah (Nypa fruticans) memiliki jumlah yang besar pada berbagai tegakan. Kondisi substrat pada kawasan ekosistem mangrove ini berlumpur, sehingga baik untuk pertumbuhan mangrove, tetapi memiliki kadar salinitas yang lebih rendah. Substrat yang berlumpur sangat baik untuk tegakan Rhizopora mucronata (Bakau Bandul) dan Avicennia marina (Api-Api Putih), Nypa fruticans (Nipah) dan Sonneratia caseolaris (Pidada Merah) mampu hidup pada sungai yang memiliki kadar salinitas yang lebih rendah.

Kawasan penangkaran rusa di kawasan PT Pupuk Iskandar Muda ini merupakan salah satu konservasi secara ex-situ (diluar habitat aslinya, dengan tujuan pelestarian dan perlindungan akibat penurunan populasi Rusa Sambar (Cervus unicolor). Program Konservasi Rusa Sambar dilakukan di wilayah konservasi Rusa. Program ini diharapkan dapat meningkatkan jumlah populasi Rusa Sambar dan mampu menjaga kelestarian Rusa Sambar tersebut.

Kawasan Taman Tanaman Langka merupakan salah satu kawasan konservasi yang diperuntukkan untuk jenis-jenis tanaman langka.  Tanaman langka ini terdapat dan ditanam di perkarangan kantor, perkarangan rumah, dan lapangan. Pengamatan flora di kawasan taman tanaman langka ditemukan spesies palem merah bangka (Cyrtostachys ronda) dalam jumlah yang banyak. Hal ini dkarenakan pinang merah  bangka  (Cyrtostachys ronda) banyak ditanam di perkarangan rumah dan kantor yang diproyeksikan sebagai tanaman langka yang harus dijaga, selain itu, juga terdapat palem kipas sumatra (Livistona spp.) yang juga termasuk tanaman langka  Program Budidaya Tanaman Palem Kipas Sumatera dan Palem Merah Bangka sebagai salah satu tanaman utama di gedung direksi PT Pupuk Iskandar Muda menjadi salah satu bukti komitmen PT Pupuk Iskandar muda dalam memelihara dan mengembangkan tanaman langka. Tanaman ini salah satu tanaman yang sangat butuh untuk dikembangkan

Rawa Paya Nie terletak di Blang Me, Bireuen yang merupakan daerah ring 1 PT PIM atau sebagai desa binaan PT PIM. Luasan Rawa Paya Nie pada awalnya sebesar 300 Ha, namun saat ini mengalami degradasi lahan menjadi 268,21 Ha akibat alih fungsi lahan menjadi kebun kelapa sawit dan persawahan serta rawan kebakaran. Flora yang dominan di Rawa Paya Nie berasal dari famili cyperacea. Teknik Paludikultur yang dilakukan dengan pendekatan holistik melalui tata kelola yang diterapkan dan diberdayakan oleh masyarakat seperti menjaga lahan rawa gambut dengan melakukan pemotongan cabut untuk purun sebagai bahan baku anyaman budidaya pohon produktif di daerah Rawa Paya Nie.

Daerah Sungai Krueng Peusangan yang terletak di daerah Blang Me, Kuta Blang, Kabupaten Bireun adalah area yang cukup vital bagi perusahaan, karena sumber air bagi perusahaan berasal dari sungai Peusangan. Dengan program menanam dan konservasi tanaman Pohon Jengkol (Archidendron pauciflorum) yang ditanam di sepanjang tepian sungai diharapkan akan menjaga sungai dari abrasi dan meningkatkan area resapan air di wilayah tersebut. Total Pohon Jengkol yang ditanam sebanyak 2000 batang pada tahun 2023. Program ini bekerja sama dengan masyarakat setempat dan bekerjasama dengan Lembaga Swadaya Masyarakat (LSM) diantaranya yaitu Aceh Wetland Foundation (AWF), Forum DAS Krueng Peusangan (FDKP) dan Aceh Green Conversation (AGC).

Pantai Bunga Seroja, Desa Blang Naleung Mameh, Lhokseumawe merupakan area ring 1 perusahaan yang lokasinya dekat dengan area Perusahan. Tingkat keanekaragaman hayati yang ada di pantai Rencong Pusong masih sedikit. Pohon keras juga tidak ditemukan sepanjang garis pantai. Tingkat abrasi dan gelombang pasang yang terjadi di pantai Bunga Seroja menjadi hal serius untuk ditangani bersama guna penyelamatan kondisi lingkungan di area sekitar pantai. Untuk itu, tahun 2023 PT PIM memberikan 100bibit Pohon Kelapa (Cocos nucifera) sebagai budidaya untuk masyarakat di sekitar pantai Bunga Seroja yang tinggal di kawasan pesisir pantai tersebut. Budidaya Pohon Kelapa ini juga berguna untuk menahan abrasi pantai dan gelombang pasang. Pohon Kelapa juga mempunyai kemampuan untuk menyerap air dalam jumlah banyak dan mencegah bencana banjir. Kegiatan ini melibatkan beberapa pihak seperti Masyarakat Desa Blang Naleung Mameh, DLHK Aceh Utara, DLHK Lhokseumawe, Sekolah Adiwiyata, pecinta lingkungan dan LSM terkait. Budidaya Pohon Kelapa (Cocos nucifera) bertujuan untuk meningkatkan kondisi lingkungan di pantai tersebut dan hasil dari budidaya Pohon Kelapa dapat dimanfaatkan menjadi pendapatan atau konsumsi pribadi oleh masyarakat bahari di desa tersebut. Dengan adanya program ini, masyarakat diharapkan lebih peduli terhadap kelestarian lingkungan sebagai penopang keberlanjutan ekosistem dan peningkatan ekonomi masyarakat

Paya Nie merupakan lahan gambut yang berada di desa Blang Me seluas 268,21 Ha yang menjadi habitat bagi berbagai flora dan fauna seperti burung, ikan, tanaman purun, dan tumbuhan–tumbuhan lainnya berkembang biak. Adanya alih fungsi lahan tersebut tentu mengancam keberlangsungan ekosistem biodiversity yang berada di Paya Nie. Salah satu fauna endemik yang ada di Paya Nie yaitu Ikan Gabus (Channa striata) yang saat ini dalam kondisi langka ditemukan di daerah rawa gambut Paya Nie. Agenda kegiatan yang dilakukan adalah sosialisasi sosialisasi mengenai manfaat budidaya ikan Gabus, keuntungan mengkonsumsi ikan Gabus dan produk olahan dari ikan Gabus. Sosialisasi budidaya ikan Gabus bertujuan untuk mengedukasi masyarakat tentang urgensi terhadap pelestarian ekosistem di rawa gambut. Masyarakat yang terlibat dalam sosialisasi dilakukan kepada 386 orang. Sosialisasi dan pelepasan ikan Gabus ini sebagai upaya sharing knowledge dari perusahaan. Dengan begitu, masyarakat diharapkan lebih peduli terhadap kelestarian lingkungan sebagai penopang keberlanjutan ekosistem dan peningkatan ekonomi masyarakat

Pada tahun 2022, abrasi pesisir yang signifikan terjadi di pesisir Samudera Aceh Utara, menyebabkan kerusakan parah pada puluhan rumah warga. Dalam upaya untuk memitigasi dampak abrasi dan mencegah kerusakan lebih lanjut, dilakukan langkah-langkah rehabilitasi dengan menanam Mangrove di sepanjang pesisir Samudera, Aceh Utara. Lokasi penanaman Mangrove ini mencakup Desa Pu’uk dan Desa Sawang di Aceh Utara. Program rehabilitasi ini diharapkan dapat meningkatkan ketahanan pesisir terhadap abrasi, melindungi pemukiman warga, dan memperbaiki ekosistem pesisir yang terdegradasi sehingga memberikan manfaat ekologis dan ekonomi bagi masyarakat sekitar.

Program Green Harmony Penanaman Pohon untuk Tanah Rencong bertujuan untuk mendukung pelestarian lingkungan serta meningkatkan kesadaran masyarakat akan pentingnya melestarikan lingkungan dengan penanaman pohon. Penanaman pohon bersama masyarakat dan stakeholder terkait dilakukan di kawasan Kabupaten Aceh Utara dan Kabupaten Bireuen. Jenis pohon yang dilakukan penanaman oleh masyarakat berupa pohon produktif (pohon Mangga, Rambutan, Kelengkeng, Matoa, Durian), tanaman khas Aceh (Bungong Jeumpa), dan Pucuk Merah. Dampak dari program ini, masyarakat menjadi lebih sadar akan budidaya pohon untuk keberlanjutan lingkungan sekitar. Kontribusi masyarakat dalam sadar akan melestarikan lingkungan dengan cara penanaman pohon juga berdampak pada meningkatnya keanekaragaman hayati pada suatu kawasan. Kerjasama dilakukan dengan melibatkan Pemerintah Desa Blang Mee, Bireuen dan LSM Aceh Wetland Foundation dalam penanaman dan perawatan tanaman